什么是细菌污染？

新型抗生素横空出世杀死细菌增强免疫力两不误

这可能代表着世界上对抗耐药性菌的一个潜在里程碑。”
当人体受到细菌感染时，为了减轻痛苦和加速*，我们往往会服用抗生素治疗，可以在免疫反应清除感染细胞和细菌的同时，防止细菌在身体中放肆侵袭。但随着抗生素的滥用，细菌也会通过突变和获得抗生素抗性遗传元件进化出各种抵抗机制，由此产生了多重耐药性的“超级细菌”。

抗生素耐药性是目前世界上紧迫的公共卫生威胁之一，仅在我国，每年就有数万人死于金黄色葡萄球菌等常见细菌的耐药性菌株感染。然而，目前很少有新型的抗生素被开发出来用于应对耐药性菌株的感染。

近日，来自美国威斯塔研究所的研究人员在《Nature》上发表了题为IspH inhibitors kill Gram-negative bacteria and mobilize immune clearance的研究成果，其开发了一类IspH抑制剂，这种化合物能直接杀灭几种耐多药细菌的临床分离株，同时还可激发对耐药性菌的快速免疫反应，达到了广谱抑制多种细菌的效果。

2-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(MEP)途径是一种对大多数革兰氏阴性细菌和疟原虫关重要但在人类中缺乏的代谢途径，其负责大多数致病菌细胞存活的必需分子即异戊二烯类化合物的生物合成。研究人员针对该途径中的异戊二烯合成必需酶IspH的抑制，设计了既可以杀死细菌又同时增强宿主自然免疫反应的双管齐下抗菌策略：免疫—抗菌双作用（DAIAs）。

IspH作为DAIA策略的靶标测试

研究人员先将该IspH蛋白的晶体结构与960万个可获得的化合物进行分子对接，结合表面等离子共振分析，从中筛选出C23.07，C23.20，C23.21，C23.28和C23.47是对表达的IspH蛋白*有效的一些抑制剂。

然后通过修饰这些*有效抑制IspH功能的小分子使其形成细菌可渗透的前药，对其在多种耐多药细菌菌的临床分离株的杀菌效果和MIC90值进行检测，发现包括产气肠杆菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、霍乱弧菌、肺炎克雷伯菌、志贺氏菌、沙门氏菌、分枝杆菌和芽孢杆菌等在内的多种耐药菌株均可被有效杀死，且比同类抗生素包括美罗培南，丁胺卡那霉素、妥布霉素，环丙沙星以及几代头孢菌素等的效果*佳。

与同类*佳抗生素相比，前药C23对革兰氏阴性菌多药耐药临床分离株的MIC90值更低

对C23及其同类小分子的杀菌机理和毒性进一步分析，发现抑制IspH会导致大肠杆菌和霍乱弧菌的细胞壁和细胞膜形成缺陷， 且处理后的大肠杆菌体及霍乱弧菌内的Vγ9Vδ2T细胞在24-48小时内被激活，并产生了高水平的穿孔素和颗粒溶素和颗粒酶等细胞毒性标记物，这一诱导Vγ9Vδ2T细胞反应的结果在感染的人源化小鼠中也得到了验证，其能刺激免疫系统具有更强的细菌杀灭活性和特异性，且对人体细胞无任何毒性。

前药处理后，细菌和人源化小鼠中的γδT细胞被激活

该研究的通讯作者Farokh Dotiwala表示：“我们相信，这种创新的DAIA策略可以在抗生素的直接杀伤能力和免疫系统的自然力量之间产生协同作用，这可能代表着世界上对抗耐药性菌的一个潜在里程碑。”

未知细菌“入侵”！被虫子叮了一口，狗狗竟感染未知细菌，或可感染人类！

研究人员鉴定出了一种新的立克次氏体细菌，可能在狗和人类中引起重大疾病。

立克次氏体是一类严格细胞内寄生的原核细胞型微生物，主要通过人虱、鼠蚤、蜱等节肢动物叮咬而感染人体，可引起斑疹伤寒，斑点热等传染病。立克次氏体病原体分为四类，其中，斑点热群立克次体（通过蜱传播）是广为人知并包含多物种的一类。在*经蜱传播的超过25个斑点热群立克次体物种中，立克次氏菌是致命和危险的细菌之一。

近日，北卡罗莱纳州立大学兽医学院的研究人员鉴定出了一种新的立克次氏体细菌，可能在狗和人类中引起重大疾病。这个新物种初在三只狗中发现，是与人类立克次氏体病原体有关的新型立克次氏体种。相关成果发表于《Emerging Infectious Diseases》上。

由这种细菌引起的落基山斑点热（RMSF）的临床特征有发热、头痛和皮疹，重型患者可危及生命。对于狗来说，立克次氏菌是wei一已知的在北美引起临床疾病的斑点热群立克次体。狗和人类临床症状相似，包括发烧、嗜睡、体重减轻以及与血管炎症相关的症状，例如肿胀、皮疹和疼痛。

在2018到2019年间，来自美国3个州（伊利诺伊州、俄克拉荷马州和田纳西州）的3只狗由于蜱叮咬而出现了类似症状，包括发烧、嗜睡和血小板减少，这些症状通常都是RMSF的常见症状。果然，在对3只狗进行血样测试后发现，它们对立克次氏菌的抗体测试呈阳性反应。

感染新型立克次体的3只犬血液和血清样本的犬病媒传播疾病诊断结果

* CVBD，犬媒传播疾病；IFA，免疫荧光测定；NA，不适用；+，阳性；-，阴性

随后，研究人员将3只狗血液样本中的立克次体DNA基因序列进行扩增，并检查了细菌DNA的五个不同区域，然后将其与其他斑点热群立克次氏体的测序DNA进行比较。令人惊讶的是，样本中的DNA与立克次氏菌的相似性仅为95％。在进行了系统发育树分析后，研究人员确定，这是一种以前未知的且*的立克次氏菌。

立克次体的多基因座系统树。从落基山斑点热狗身上发现的2019年斑点热型症状（粗体）与参考序列的对比

迄今为止，很难从少量临床样品中培育立克次体种。因此，在对这种新物种进行命名之前，研究人员想对其进行培养，以便更好地进行表征。

论文通讯作者Barbara Qurollo说：“我们将继续寻找立克次体的物种，确定其地理范围，并试图对其进行更好的表征，这是一个缓慢的过程，但值得我们关注。”

截止2020年，研究人员已经在美国东南部和中西部的另外4只狗中发现了这种新物种，他们还要求兽医在可能的情况下收集与出现症状的狗相关的蜱虫，这有助于确定哪些蜱虫物种可能正在传播这种特定细菌。

重要的是，研究人员还想回答另一个问题：这种新的立克次体物种是否还会感染人？狗是蜱传播疾病的重要“哨兵”，它们有很高的蜱接触率，并且有能力被许多感染人类的经蜱传播的病原体感染。要揭开这个答案，还需要与人类医学领域的科学家进行合作，并深入研究。

俗话说“防大于治”，防止被蜱叮咬才是有效的办法。蜱虫主要栖息在草地、树林中，因此，外出游玩时在暴露的皮肤上喷驱蚊液，并且尽量避免在野外长时间坐卧。对于养狗人士来说，在郊外草坪、甚小区草坪遛狗时也要注意避免蜱虫叮咬爱犬，从而带家中。

细菌基因组测序服务

产品介绍

细菌基因组测序，可分为细菌基因组de novo测序和细菌基因组重测序两类。细菌基因组de novo测序，即从头测序是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个细菌物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼装，从而获得该细菌物种的基因组序列。细菌基因组重测序是对已有参考序列（Reference Sequence）的物种的不同个体进行基因组测序，并以此为基础进行个体或群体水平的差异性分析。可关注大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、结构变异（Structure Variation，SV）等变异信息。细菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制，已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。

根据不同的研究目的和需求，细菌基因组测序可具体分为以下产品： 
细菌重测序
构建小片段文库，深度测序，基于已知参考基因组关注基因组变异情况（包括SNP和InDel等），可进行群体研究。 
细菌denovo测序
细菌框架图：构建小片段文库，采用高深度测序（100X）和初级的基因组从头组装策略，可满足细菌基因组研究的基础需求。 
细菌精细图：构建大片段和小片段文库，采用高深度测序（150X）和针对性的基因组从头组装策略，是目前细菌基因组研究的主导产品。 
细菌完成图：根据待测菌株具体情况量身定制*策略，构建不同大小片段及类型文库，综合利用多种高通量测序技术及组装技术，终组装得到一条完整的基因组序列（1 Contig，0 gap），是细菌基因组测序从头组装的高标准。 
流程图

结果示例

案例分析
案例：耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）全基因组测序揭示其传播机制及系统发育 
Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）是一种常见的引发医院内感染的致病菌，本研究对泰国东北部一家医院分离出的79株菌进行了全基因组测序，绘制了该菌的系统发育树，并发现了多个不同进化支，据此推理出感染病人之间的MRAS传播途径。
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1、提交项目课题相关需求和资料。

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3、根据讨论后的意见对实验方案进行修改。

4、双方均满意并达成一致，签订技术服务合同。

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6、结题，提供实验原始结果和分析结果、实验流程、实验条件等等。

我们的优势

1、适用于单细胞、微量细胞样品。

2、数据质量高、偏差小、高度均一。

3、高通量，单个样本可达30-100X的测序深度和数据产出量。

4、*的覆盖度，能检测到90%以上的SNP位点信息。

5、检测灵敏度和准确度高。

6、能够全面发掘新的和稀有的遗传变异

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