这些测序方法，你知道吗？

测序，测的是DNA的序列，也就是测定DNA中脱氧核糖核苷酸的排列顺序，它是将DNA化学信号转变为计算机可处理的数字信号的一个过程，我们能从这些经过科学计算得出的数字信号中找寻到生命之间的奥秘。根据测序技术出现的时间以及读长、通量等特征，分为一代测序、二代测序、三代测序。下面的这些测序方法，你知道吗？让我们一起来看看吧！

一、一代测序

一代测序技术，也被称为Sanger测序。其利用了双脱氧核苷酸会终止PCR的原理。比如：一条序列为ATCGCTA，我们进行3次的双脱氧核苷酸，第一次加入双脱氧核苷酸A和正常的ATCG那么我们会得到下面两种序列，A、ATCGCTA。那么我们就知道碱基A在序列的第一个碱基和第7个碱基。同理运用双氧核苷酸T和C，就会得整个序列的对应碱基的位置BP信息。进而得到整条序列的ATCG的序列信息。当然这些都是由仪器进行检测的。一代测序的特点：速度快，但是一次只能测一条单一的序列，且最长也就能测1000-1500bp。所以被广泛应用在单序列测序上。简单概括就是，一代测序只能测一条长度在1000bp左右的序列。广泛应用于单条序列的突变位点检测。

二、二代测序

二代测序技术，也被称为高通量测序技术。它解决了一代测序只能测一条序列的缺陷。随着科研的不断深入，我们开始分析一个物种或样本中的所有序列信息，这个时候一代测序一次测一条的方式就无法满足我们的需求。二代测序技术就是在这样的情况下诞生的。之所以称其为高通量测序就是因为它一次能够同时测很多的序列。我们通过物理或是化学的方式将DNA随机打断成无数的小片段（250-300bp），之后通过建库（这里就不深入建库的原理了）富集了这些DNA片段。接下来将建完的库放入测序仪中测序，测序仪中有着可以让DNA片段附着的区域，每一个片段都有独立的附着区域，这样测序仪可以一次检测所有附着的DNA序列信息。最后通过生物信息学分析将小片段拼接成长片段。

二代测序特点：一次能够测大量的序列，但是片段被限制在了250-300bp，由于是通过序列的重叠区域进行拼接，所以有些序列可能被测了好多次。由于建库中利用了PCR富集序列，因此有一些量少的序列可能无法被大量扩增，造成一些信息的丢失，且PCR中有概率会引入错配碱基。所以三代测序就这样诞生了。

三、三代测序

三代测序其实就是对二代测序的一个升级，简单来说就是它同样一次能测好多序列，但是测序的长度达到了10kb左右，并且不需要PCR富集序列，直接测序，这就解决了信息的丢失，以及碱基错配的问题。但目前来说三代测序依然有一定的缺陷：三代测序技术依赖DNA聚合酶的活性，且成本很高，极大地高于二代测序技术的错误率不过好在三代的错误是wan全随机发生的，可以靠覆盖度来纠错（但这要增加测序成本）。

二代测序和三代测序统称为高通量测序，又称“下一代测序”或“深度测序”。

更多有关测序方法，请联系测序代理商——上海金畔生物科技有限公司：

各国猴痘病毒基因测序结果汇总：大规模社区传播需引起警觉

截至目前，葡萄牙、比利时、美国、荷兰、意大利、西班牙、法国等多国的研究团队发布猴痘病毒基因测序报告，根据测序报告和进化树对比，表明猴痘可能已经在欧洲发生了大规模的社区传播。
各国猴痘基因组测序情况汇总如下图：

上述的测序结果都表明：本轮猴痘疫情爆发极有可能来自一个源头，都属于西非分支；同时，猴痘在欧洲已经出现大规模社区传播。
目前多个国家通过社交应用程序、社交媒体医疗服务机构等多种渠道提醒，大规模社区传播需引起警觉。
上海金畔生物科技有限公司提供基因测序服务，助力猴痘病毒基因组测序，欢迎咨询。

单细胞测序技术的简介

单细胞测序介绍

细菌基因组测序服务

产品介绍

细菌基因组测序，可分为细菌基因组de novo测序和细菌基因组重测序两类。细菌基因组de novo测序，即从头测序是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个细菌物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼装，从而获得该细菌物种的基因组序列。细菌基因组重测序是对已有参考序列（Reference Sequence）的物种的不同个体进行基因组测序，并以此为基础进行个体或群体水平的差异性分析。可关注大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、结构变异（Structure Variation，SV）等变异信息。细菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制，已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。

根据不同的研究目的和需求，细菌基因组测序可具体分为以下产品： 
细菌重测序
构建小片段文库，深度测序，基于已知参考基因组关注基因组变异情况（包括SNP和InDel等），可进行群体研究。 
细菌denovo测序
细菌框架图：构建小片段文库，采用高深度测序（100X）和初级的基因组从头组装策略，可满足细菌基因组研究的基础需求。 
细菌精细图：构建大片段和小片段文库，采用高深度测序（150X）和针对性的基因组从头组装策略，是目前细菌基因组研究的主导产品。 
细菌完成图：根据待测菌株具体情况量身定制*策略，构建不同大小片段及类型文库，综合利用多种高通量测序技术及组装技术，终组装得到一条完整的基因组序列（1 Contig，0 gap），是细菌基因组测序从头组装的高标准。 
流程图

结果示例

案例分析
案例：耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）全基因组测序揭示其传播机制及系统发育 
Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）是一种常见的引发医院内感染的致病菌，本研究对泰国东北部一家医院分离出的79株菌进行了全基因组测序，绘制了该菌的系统发育树，并发现了多个不同进化支，据此推理出感染病人之间的MRAS传播途径。
技术参数

样品要求

服务流程

1、提交项目课题相关需求和资料。

2、与我们的专业技术团队讨论项目细节。

3、根据讨论后的意见对实验方案进行修改。

4、双方均满意并达成一致，签订技术服务合同。

5、开展实验，按期完成合同规定的内容。

6、结题，提供实验原始结果和分析结果、实验流程、实验条件等等。

我们的优势

1、适用于单细胞、微量细胞样品。

2、数据质量高、偏差小、高度均一。

3、高通量，单个样本可达30-100X的测序深度和数据产出量。

4、*的覆盖度，能检测到90%以上的SNP位点信息。

5、检测灵敏度和准确度高。

6、能够全面发掘新的和稀有的遗传变异

咨询与订购

感谢您选择我们的服务，如果您有任何问题，请联系我们，我们将竭诚为您解答和服务。

全外显子组测序服务

产品介绍
全外显子组测序（Whole Exome Sequencing，WES）是利用探针杂交富集蛋白编码区域DNA序列，通过高通量测序，发现与蛋白质功能变异相关的遗传突变。研究显示：人类全外显子组只占人类全基因组长度的1%左右，由DNA变异引起的疾病大致有80%以上来自于外显子组区域的变异，因此全外显子测序远比全基因组测序（Whole Genome Sequencing,WGS）更简便、经济、，其目标区域覆盖度也更高，便于变异检测。

检测流程

1、样本采集，提取基因组DNA。

2、将基因组DNA打断，构建随机片段文库。

3、文库纯化，然后通过外显子捕获系统进行杂交富集。

4、PCR扩增，qPCR质量检测。

5、上机进行高通量测序。

6、数据分析。

信息分析流程 

信息分析内容 

1、去除接头污染和低质量数据。 

2、进行数据产量统计分析、测序深度分析、覆盖度均一性分析。 

3、SNP、Indel变异信息检测。

4、SNP、indel的RefGene注释。

5、SNP、Indel数据库分析 (与dbSNP、千人基因组数据、ESP外显子组数据库、炎黄基因组数据进行数据库注释分析) 。

6、单样品SNP保守性预测、致病性分析 (SIFT、Polyphen-2、Phylop、GERP scores)。

7、SNP、InDel在各基因功能元件上的分布统计。

样本要求

1、基因组DNA：Illumina：DNA浓度≥20 ng/μl，总量≥6 μg，OD 260/280介于1.8-2.0之间，电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整。样品浓度越高越好。

2、血液样品：请使用专业抗凝管储存样品。哺乳动物血液提供＞2ml，有细胞核的血液＞500ul。

3、样品中有多糖、糖蛋白的残留，往往对打断DNA样品带来非常大的麻烦，且很难去除，因此特别要求，客户提供的样品一定要将多糖或糖蛋白去除干净。

4、样品保存期间切忌反复冻融。

服务流程

1、提交项目课题相关需求和资料。

2、与我们的专业技术团队讨论项目细节。

3、根据讨论后的意见对实验方案进行修改。

4、双方均满意并达成一致，签订技术服务合同。

5、开展实验，按期完成合同规定的内容。

6、结题，提供实验原始结果和分析结果、实验流程、实验条件等等。

我们的优势

1、适用于单细胞、微量细胞样品。

2、数据质量高、偏差小、高度均一。

3、高通量，单个样本可达30-100X的测序深度和数据产出量。

4、*的覆盖度，能检测到90%以上的SNP位点信息。

5、检测灵敏度和准确度高。

6、能够全面发掘新的和稀有的遗传变异

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目标区域高通量测序服务

目标区域高通量测序介绍

目标区域高通量测序是一种高度特异和靶向的方法，是指采用各种技术手段将待检测的目标区域富集之后，进行高通量测序的研究策略。目标区域的高深度测序可以有效识别基因的变异并对其进行特征谱分析，通常用于分析特定基因组区域中的DNA变异，尤其是肿瘤的基因组研究。

目标区域高通量测序的策略与区别

扩增子测序
原理：通过设计目标基因组区域的引物，经多重PCR反应扩增将目标区域DNA富集纯化后，进行高通量测序和数据分析。通常用于扩增区域较小（<100k）的情况。

技术流程

技术优势

目标区域小，测序成本较低，测序深度通常可高达10000X（常规全外显子组测序为100X），因此可以发现低频的突变。

可选panel：包括现成产品（适合不同肿瘤的基因组合）和个性化定制两种

样品要求
1、样品纯度要求：OD值应在1.82.0之间；电泳检测无明显非特异性杂带，PCR产物条带清晰、完整。
2、样品浓度：纯化后PCR产物浓度不低于5 ng/ul。
3、样品总量：样品总量不低于200ng。
4、样品信息：请提供DNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。
服务流程
1、提交项目课题相关需求和资料。
2、与我们的专业技术团队讨论项目细节。
3、根据讨论后的意见对实验方案进行修改。
4、双方均满意并达成一致，签订技术服务合同。
5、开展实验，按期完成合同规定的内容。
6、结题，提供实验原始结果和分析结果、实验流程、实验条件等等。
我们的优势
1、游离DNA纯化技术能有效去除基因组DNA污染，使定量更准确。
2、扩增子生成技术提高了扩增子生成的均一性，降低测序成本。
3、低频突变生物分析技术能有效在背景中检出相关低频突变。
4、为了克服PCR扩增中引入的人源误差，在进行任何扩增之前加入UMIs（unique molecular indices），从而保留起始DNA分子的wei一性并克服PCR扩增带来的假阳性问题，以及文库构建过程中引入的偏差。
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宏基因组测序服务

宏基因组测序介绍
宏基因组测序（Metagenomics Sequencing）是对检测样品中全部微生物的总DNA（即宏基因组，Metagenome）进行提取纯化，随机打断，建库并进行高通量测序，后通过组装将小片段拼接成较长的序列。宏基因组测序主要研究微生物种群的结构、基因功能、微生物之间的相互协作关系、微生物与环境之间的相互关系等等。由于宏基因组测序不受微生物分离和培养的限制，大大扩展了微生物资源的利用度和便利性，为环境微生物群落的科学研究提供了的工具。
宏基因组的深度测序可以揭示环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质，为医药开发和生命科学研究提供宝贵的信息。

 
服务项目
目标区域扩增子测序（Targeted metagenomics）
全基因组测序（WGS Shotgun metagenomics）
 

宏基因组测序过程

 
服务流程
1、提交项目相关需求和资料。
2、与我们的专业技术团队讨论项目细节。
3、根据讨论后的意见对实验方案进行修改。
4、双方均满意并达成一致，签订技术服务合同。
5、开展实验，按期完成合同规定的内容。
6、结题，提供实验原始结果和分析结果、实验流程、实验条件等等。
客户提供
1、测序样本和信息。
2、测序要求，其他特殊要求。
样本要求
粪便：采集新鲜粪便样品于无菌容器中，每份样品5g左右即可，液氮速冻3-5min，-80°C长期保存，干冰运输。
土壤：采集土壤样本5g左右无菌容器中，液氮速冻3-5min，然后转移-80°C 或液氮中长期保存，干冰运输。
污泥：采集污泥样本于无菌容器中，每份样品5g左右即可，液氮速冻3-5min， -80°C长期保存，干冰运输。
水体：1、对于水质较为清澈的水样，用0.22μm 的微孔滤膜真空过滤水样（1 L左右），富集于无菌管中，液氮速冻3-5min，干冰运输。2、对于水质较为混浊的水样，三点水样混合摇匀后取60-80mL，液氮速冻3-5 min，-80℃保存，干冰运输。
皮肤：采用无菌棉签轻轻刮取皮肤表面，取样后将棉签置于无菌的离心管，液氮速冻3-5min，-80℃长期保存，干冰运输。
我们的优势
1、提供各种实验材料和仪器，满足项目课题实验需要。
2、专业的操作人员。
3、高规格实验室。
4、数据结果交付周期快。
5、完善的服务体系，全程跟进，确保满意。
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感谢您选择我们的服务，如果您有任何问题，请联系我们，我们将竭诚为您解答和服务。

单细胞测序服务

单细胞测序
单细胞测序介绍
单细胞测序技术(scWGS)是在单细胞水平对基因组进行扩增与测序，进行差异性分析的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量基因组DNA进行复杂的线性扩增，由于具有低偏倚性特点，扩增更均匀，因而更能准确精细地判定细胞是否存在变异。在获得高覆盖率的完整的基因组后，进行高通量测序，可用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系，在微生物生态学、癌症基因组、法医学、微量诊断、遗传印记等领域有广泛应用。
单细胞测序技术能够让医生和研究人员分离、选择并扩增单个细胞的基因组、转录组、表观组，能够更清楚深入的分析细胞中基因的特异性表达，为临床上诸如肿瘤转移的早期识别、个体化治疗手段的开发等等提供有力的研究工具。

 
单细胞测序流程

单细胞测序项目
单细胞全基因组测序
单细胞外显子组测序
单细胞全基因组甲基化测序
技术参数
检测周期：25-40工作日
数据量：不低于合同规定数据量
测序策略：PE151
服务流程
1、提交项目课题相关需求和资料。
2、与我们的专业技术团队讨论项目细节。
3、根据讨论后的意见对实验方案进行修改。
4、双方均满意并达成一致，签订技术服务合同。
5、开展实验，按期完成合同规定的内容。
6、结题，提供实验原始结果和分析结果、实验流程、实验条件等等。
我们的优势
1、适用于单细胞、微量细胞样品。
2、数据质量高、偏差小、高度均一。
3、高通量，单个样本可达30-100X的测序深度和数据产出量。
4、*的覆盖度，能检测到90%以上的SNP位点信息。
5、检测灵敏度和准确度高。
6、能够全面发掘新的和稀有的遗传变异
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