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NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)- 含 RNA 纯化磁珠 收藏
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相关产品:
NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)
产品特点:
·高效去除人、小鼠、大鼠 RNA 中的 rRNA
概述:
高丰度的核糖体 RNAs(rRNAs)占总 RNA 的 80-90%,进行二代测序和其它应用前需要在上游实验中将其去除。NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 优化了试剂、探针和操作手册,去除效果更卓越。基于 RNAse-H 的高效工作流程和紧密的探针间距,能高效地从低质量和高质量 RNA 中去除 rRNA,针对广泛的起始量范围亦同样有效。
产品描述:
从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中,NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效富集目的 RNAs。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA(1 µg、100 ng 和 10 ng)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从每个文库中抽取(seqtk)1000 万个 Reads,并使用 Mirabait(6 个或更多,25-mers)鉴定去除文库中的 rRNA 残留,人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS;小鼠/大鼠 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明:从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中,NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效去除 rRNA。
使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2,不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA(1 µg)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒分别对去除后和未去除的 RNA 制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从去除后的文库中抽取(seqtk)1000 万个 Reads,从未去除的文库中抽取 1 亿个 Reads。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明:测试的所有物种去除 rRNA 后转录表达水平与未去除文库一致。
不同起始量情况下,样本文库之间都保持一致的转录表达相关性。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA(1 µg)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明:测试的所有起始量转录表达相关性保持一致。
NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 在保证转录本丰度的同时,能有效地从降解的 FFPE 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)(A、B、C)和 TruSeq® Stranded Total RNA Gold Kit(A)从成人正常肝组织 FFPE 总 RNA(RIN 2.3,100 ng 和 10 ng)中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。从去除后的文库中抽取(seqtk)2000 万个 Reads,从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。图(A)使用 Mirabait(6 个或更多,25-mers)鉴定去除文库中的 rRNA 残留,人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值,误差条表示标准差。(B)和(C)使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明:NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2(人/小鼠/大鼠)能从 FFPE(降解的)样本中高效去除 rRNA,并可灵活应用于低起始量,且在不同起始量情况下,去除后的转录表达相关性也保持一致。