亲和层析又称功能层析(Function Chromatography)。其原理是：利用生物大分子与其特异性配基之间的特异结合能力的特性，先将配基交联到层析介质上，制成亲和层析介质。将含有该生物大分子的待分离样品上样后，该生物大分子将被特异性吸附在亲和层析介质上，而样品中的其它物质全部流穿被去除;在改变洗脱条件时，就可以把被特异性吸附的生物分子洗脱下来。一种亲和层析介质只能用于一种或有限的一类生物分子的分离纯化。理论上，所有的能特异性结合的配基对均能利用亲和层析原理，制成亲和层析介质，用于其配基的分离纯化。

　　将具有特殊结构的亲和分子制成固相吸附剂放置在层析柱中，当要被分离的蛋白混合液通过层析柱时，与吸附剂具有亲和能力的蛋白质就会被吸附而滞留在层析柱中。那些没有亲和力的蛋白质由于不被吸附，直接流出，从而与被分离的蛋白质分开，然后选用适当的洗脱液，改变结合条件将被结合的蛋白质洗脱下来，这种分离纯化蛋白质的方法称为亲和层析。利用共价连接有特异配体的层析介质分离蛋白质混合物中能特异结合配体的目的蛋白或其它分子的层析技术。

　　亲和层析是一种吸附层析，抗原(或 抗体)和相应的抗体(或抗原)发生特异性结合，而这种结合在一定的条件下又是可逆的。所以将抗原(或 抗体)固相化后，就可以使存在液相中的相应抗体(或抗原)选择性地结合在固相载体上，借以与液相中的其他蛋白质分开，达到分离提纯的目的。

　　此法具有高效、快速、简便等优点。